この作品は同時発売された『ゼルダの伝説1』と共に任天堂が発売した最後のファミコンソフトとなった。ただしゼルダの伝説1はファミリーコンピュータ ディスクシステム用に発売された『ゼルダの伝説』をロムカセットへ移植した作品であることから、実質の最終作はワリオの森のみと解釈することもできる。またサードパーティからはこの後も数本ソフトが発売されたため、これら2作はすべてのファミコンソフトの中で最後の作品というわけではない。最後のファミコンソフトは1994年6月24日にハドソンから発売された『高橋名人の冒険島IV』であった。


ゲームフィールド内にいるすべてのモンスターを消すことが目的の落ち物パズル。一般の落ち物パズルのように落下してくるブロックを動かすのではなく、主人公のキノピオを操作し、落ちてくるモンスターや爆弾を並べ直すことでこれらを消していく。ゲームタイトルから誤解されやすいがワリオは主人公ではない。モンスターを使いキノピオを邪魔する敵として登場する。

ゲームモードは全3種用意されている。1人用ゲームにはモンスターを消して面を順にクリアしていく「ラウンドゲーム」と、5つのラウンドを1セットとしてモンスターを消す時間の短縮を目指す「タイムレース」が、2人用ゲームには相手との対戦を行う「VS」がある。いずれのゲームにも得点の概念はなく、得点の獲得を目的としたゲームモードも存在しない。この他にゲームの操作やテクニックの練習ができる「レッスンモード」と、成績の閲覧等ができる「オプション」も用意されている。

当時のパズルゲームとしては珍しくバッテリーバックアップ機能が搭載されている。この機能はラウンドゲームの進行状況やタイムレースのクリア時間などの保存に利用された。