ステージは8大ボスステージ・ブルースステージ（4ステージ）・ワイリーステージ（4ステージ）の計16ステージから構成される。

重力反転ステージやマリンバイクステージなど、特殊なステージが増したが、難易度は前4作に比べても低めで、シリーズ中で最も低いと言われているが、高水準なのは変わりなく、トラップ関係も多彩なため見劣りするものではない。


これまで仲間と思われていたブルースがロボット軍団を率いて街を破壊し、ライト博士をさらっていった。その際にスカーフを落としていったブルース。俄にブルースの行動が信じられないロックマンは、Dr.コサックが作ってくれたビートと共に、真偽を確かめるためブルースを追う。