ステージは8大ボスステージとDr.コサックステージ（4ステージ）、ワイリーステージ（4ステージ）の計16ステージから構成される。

多彩になったトラップ、ボスの強さなど、難易度はシリーズを通して高めではあるが、チャージショットやラッシュ等が標準的に存在するために一概に過去の作品とは比べられない。また前作までと比べ更なるストーリー性の強化が図られている。 また他の作品に比べて画面の移動やエネルギーの上昇が遅く、スピード感に欠けている点がある。

ロックマンが巨大ロボット「ガンマ」を撃破してから一年後。Dr.コサックの作りだしたロボットたちが突如にして世界8大都市を占拠し、世界に宣戦布告をする。ライト博士と並び称される天才科学者、Dr.コサックが何故・・・？新兵器「ニューロックバスター」を装備したロックマンは、都市奪回の戦いへと赴くのだった。