マリオとヨッシーがコンビを組むクッキー屋が次々とクッキーを作っていくという設定。クッキーは、ハート、フラワー、チェック、ダイアモンド、サークル、ヨッシーの6種類。縦か横の1列を同じクッキーで揃えると、クッキーを消す事が出来る。1人用プレイはこの繰り返しでクッキーを全て消せばクリアとなる。対戦プレイではこの繰り返しで、決められた数のクッキーを相手より先に消せばクリアとなる。

1人用プレイでは通常、ラウンド1から10まであるが、ラウンド10-10をクリアしてエンディングが終わった後しばらく放置していると、ラウンド11から先のラウンドの出し方が表示される。なお、ラウンド11以降はクッキーが、パックン、テレサ、ゲッソー、クリボー、スーパーキノコ、ノコノコの甲羅、ヨッシーの7種類に変化して、全体的に見づらくなり難しくなる。また、ラウンド11以降はサウンドAが違うものになっている。ラウンド99-10をクリアしたあとのエンディングは、ラウンド10-10をクリアした時のそれに比べて豪華なものになっている。